管理体系的初次认证审核一般分为两个阶段实施。第一阶段审核重于体系的策划情况，包括文审和现场审核，其中FSMS、工程建设施工企业QMS以及其他风险高的情况，一阶段必须实施现场审核；第二阶段审核侧重于体系的运行实施情况，包括有效性，涉及受审方所以部门和活动。

第一阶段审核

以QMS/EMS/OHSMS为例，第一阶段审核应包括以下内容：

（1）审查客户管理体系文件的符合性和适应性；

（2）评价客户组织的运作场所和现场的具体情况，并与相关人员进行讨论，以确定第二阶段审核的准备情况；

（3）审查客户组织理解和实施标准要求的情况，特别是对管理体系的关键绩效或重要的因素、过程、目标和运作的识别情况；

（4）收集相关客户组织的管理体系范围、过程和场所的必要信息，以及相关的法律法规要求和遵守情况，包括相应的许可证和政府抽查结果的核查；

（5）审查第二阶段审核所需资源的配置情况，并以客户组织商定第二阶段审核的细节；

（6）充分了解客户组织的管理体系和现场运作，以便为策划第二阶段审核提供关注点；

（7）评价客户组织是否策划和实施了内审与管理评审，以及管理体系的实施程度能否证明客户组织已为二阶段审核做好准备。

 对FMSM一阶段审核还需关注危害分析及控制措施的确定；前提方案、HACCP计划的适宜性；确认、验证和改进方案的符合；内外部沟通情况等。

第二阶段审核

第二阶段审核应在具备实施认证审核的条件下进行，其目的是在客户组织的现场通过系统地、完整地审核，以评定客户组织的管理体系是否满足所有适用的认证标准的要求，是否推荐认证注册。审核应至少包括以下内容：

（1）与适用的管理体系标准或其他规范性文件要求的符合情况及证据；

（2）依据客户组织的目标和指标，对绩效进行监视和测量结果；

（3）客户组织管理体系遵守法律、法规方面有关证据；

（4）客户组织活动、过程的运行控制情况；

（5）内部审核和管理评审的实施情况；

（6）客户组织方针，目标和指标的落实情况；

（7）客户组织申请评审信息的现场确认；

（8）依据现场审核的情况，形成审核发现的评审结论，并与客户组织沟通确认。

批准颁证

（1）审核部审查审核组组长所提供的现场审核记录和资料的完整性和符合性，以及不符合项的关闭情况；审核部经理（或其授权人）根据其审查的结果决定是否提交审议。

（2）审核部根据项目的专业特点，选择相应的认证决定人员组成审议小组。认证决定人员通过查阅审核记录及相关资料、必须时听取审核组汇报，对审核全过程的符合符合性和有效性进行全面审议，最后作出认证决定，提出是否予以注册的决定。

（3）总经理或其授权人根据审议小组的意见和结论，做出是否批准注册的决定。

（4）综合部负责向获证客户发放《批准管理体系认证注册通知书》及审核报告副本，并颁发相应管理体系的认证证书。

（5）综合部负责向国家认监委上报获证客户的消息，应在相关媒体上公告。